MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS4

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019437	TTC	2	6	82	87	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075303
2	NC_019437	A	6	6	218	223	100 %	0 %	0 %	0 %	414075303
3	NC_019437	GTA	2	6	248	253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075303
4	NC_019437	T	6	6	274	279	0 %	100 %	0 %	0 %	414075303
5	NC_019437	TGA	2	6	315	320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075303
6	NC_019437	ATT	2	6	360	365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075303
7	NC_019437	ACT	2	6	466	471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075303
8	NC_019437	AATC	2	8	547	554	50 %	25 %	0 %	25 %	414075303
9	NC_019437	A	7	7	612	618	100 %	0 %	0 %	0 %	414075303
10	NC_019437	AAAG	2	8	675	682	75 %	0 %	25 %	0 %	414075303
11	NC_019437	AACAG	2	10	759	768	60 %	0 %	20 %	20 %	414075303
12	NC_019437	GC	3	6	777	782	0 %	0 %	50 %	50 %	414075303
13	NC_019437	A	7	7	859	865	100 %	0 %	0 %	0 %	414075303
14	NC_019437	AAG	2	6	884	889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075303
15	NC_019437	TGA	2	6	949	954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075304
16	NC_019437	CAAAG	2	10	966	975	60 %	0 %	20 %	20 %	414075304
17	NC_019437	CAA	2	6	980	985	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075304
18	NC_019437	ATC	2	6	986	991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075304
19	NC_019437	GCAA	2	8	1004	1011	50 %	0 %	25 %	25 %	414075304
20	NC_019437	AAGG	2	8	1022	1029	50 %	0 %	50 %	0 %	414075304
21	NC_019437	ATG	2	6	1125	1130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075304
22	NC_019437	AAAAGA	2	12	1156	1167	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414075304
23	NC_019437	TTA	2	6	1184	1189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075304
24	NC_019437	AAAC	2	8	1199	1206	75 %	0 %	0 %	25 %	414075304
25	NC_019437	TCT	2	6	1213	1218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075304
26	NC_019437	CAA	2	6	1226	1231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075304
27	NC_019437	A	7	7	1250	1256	100 %	0 %	0 %	0 %	414075304
28	NC_019437	AGA	2	6	1261	1266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075304
29	NC_019437	GCC	2	6	1306	1311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	414075304
30	NC_019437	A	7	7	1321	1327	100 %	0 %	0 %	0 %	414075304
31	NC_019437	ACA	2	6	1331	1336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075304
32	NC_019437	TA	3	6	1340	1345	50 %	50 %	0 %	0 %	414075304
33	NC_019437	A	8	8	1370	1377	100 %	0 %	0 %	0 %	414075304
34	NC_019437	GTG	2	6	1378	1383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075304
35	NC_019437	A	7	7	1391	1397	100 %	0 %	0 %	0 %	414075304
36	NC_019437	A	7	7	1405	1411	100 %	0 %	0 %	0 %	414075304
37	NC_019437	TGAT	2	8	1412	1419	25 %	50 %	25 %	0 %	414075304
38	NC_019437	ACA	2	6	1435	1440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019437	CAA	2	6	1500	1505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_019437	AGA	2	6	1512	1517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019437	GCATT	2	10	1549	1558	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019437	AAATTA	2	12	1588	1599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019437	GGT	2	6	1602	1607	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019437	A	7	7	1616	1622	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019437	T	6	6	1627	1632	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019437	A	9	9	1678	1686	100 %	0 %	0 %	0 %	414075305
47	NC_019437	TAG	2	6	1787	1792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075305
48	NC_019437	ACT	2	6	1795	1800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075305
49	NC_019437	AATT	2	8	1804	1811	50 %	50 %	0 %	0 %	414075305
50	NC_019437	ATT	2	6	1819	1824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075305
51	NC_019437	TTA	2	6	1843	1848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075305
52	NC_019437	AGA	2	6	1949	1954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075305
53	NC_019437	A	6	6	1992	1997	100 %	0 %	0 %	0 %	414075305
54	NC_019437	TAA	2	6	2028	2033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075305
55	NC_019437	A	7	7	2032	2038	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019437	AATT	2	8	2068	2075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019437	TCAC	2	8	2132	2139	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_019437	G	6	6	2231	2236	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019437	T	9	9	2237	2245	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019437	ATA	2	6	2256	2261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019437	CGAT	2	8	2299	2306	25 %	25 %	25 %	25 %	414075306
62	NC_019437	AAT	2	6	2314	2319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075306
63	NC_019437	CTC	2	6	2344	2349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	414075306
64	NC_019437	T	6	6	2467	2472	0 %	100 %	0 %	0 %	414075306
65	NC_019437	TGT	2	6	2480	2485	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075306
66	NC_019437	AAT	2	6	2520	2525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075306
67	NC_019437	ATG	2	6	2617	2622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075307
68	NC_019437	GGT	2	6	2673	2678	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075307
69	NC_019437	TTA	2	6	2691	2696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075307
70	NC_019437	CGG	2	6	2784	2789	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075307
71	NC_019437	CAA	2	6	2808	2813	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075307
72	NC_019437	AAT	2	6	2910	2915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075307
73	NC_019437	CGAA	2	8	2927	2934	50 %	0 %	25 %	25 %	414075307
74	NC_019437	GGT	2	6	2964	2969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075307
75	NC_019437	GTT	2	6	3020	3025	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075307
76	NC_019437	ATA	2	6	3058	3063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075307
77	NC_019437	TAA	2	6	3217	3222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075308
78	NC_019437	GGC	2	6	3238	3243	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	414075308
79	NC_019437	TCG	2	6	3255	3260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075308
80	NC_019437	CTTGG	2	10	3287	3296	0 %	40 %	40 %	20 %	414075308
81	NC_019437	TGT	2	6	3328	3333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075308
82	NC_019437	CAA	2	6	3379	3384	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075308
83	NC_019437	GAT	2	6	3403	3408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075308
84	NC_019437	TTA	2	6	3485	3490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075308
85	NC_019437	GGCT	2	8	3615	3622	0 %	25 %	50 %	25 %	414075308
86	NC_019437	CGTG	2	8	3718	3725	0 %	25 %	50 %	25 %	414075308
87	NC_019437	ACCA	2	8	3748	3755	50 %	0 %	0 %	50 %	414075308
88	NC_019437	AGTC	2	8	3781	3788	25 %	25 %	25 %	25 %	414075308
89	NC_019437	GAT	2	6	3796	3801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075308
90	NC_019437	ATG	2	6	3993	3998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019437	GTTCCA	2	12	4055	4066	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_019437	TTGG	2	8	4116	4123	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019437	ATC	2	6	4128	4133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_019437	GTT	2	6	4255	4260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019437	AGT	2	6	4427	4432	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019437	T	6	6	4456	4461	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019437	T	6	6	4485	4490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019437	TCAAT	2	10	4537	4546	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_019437	ATTAT	2	10	4566	4575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019437	GAC	2	6	4612	4617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019437	ATTG	2	8	4645	4652	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019437	CACG	2	8	4674	4681	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_019437	AAT	2	6	4694	4699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019437	AAT	2	6	4709	4714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019437	TCAT	2	8	4718	4725	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019437	TAT	2	6	4762	4767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019437	CAA	2	6	4786	4791	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075309
108	NC_019437	CTG	2	6	4906	4911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	414075309
109	NC_019437	GTGA	2	8	4915	4922	25 %	25 %	50 %	0 %	414075309
110	NC_019437	TGA	2	6	4925	4930	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075309
111	NC_019437	AC	3	6	4974	4979	50 %	0 %	0 %	50 %	414075309
112	NC_019437	CAA	2	6	5038	5043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075309
113	NC_019437	ATTA	2	8	5185	5192	50 %	50 %	0 %	0 %	414075309
114	NC_019437	AGG	2	6	5369	5374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	414075309
115	NC_019437	CAA	2	6	5403	5408	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075310
116	NC_019437	TGA	2	6	5421	5426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075310
117	NC_019437	CAA	3	9	5470	5478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075310
118	NC_019437	A	6	6	5489	5494	100 %	0 %	0 %	0 %	414075310
119	NC_019437	ATT	2	6	5508	5513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075310
120	NC_019437	TCA	2	6	5565	5570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414075310
121	NC_019437	TGAT	2	8	5732	5739	25 %	50 %	25 %	0 %	414075310
122	NC_019437	T	6	6	5763	5768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019437	ATA	2	6	5796	5801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019437	CTG	2	6	5879	5884	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019437	T	6	6	5901	5906	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019437	GTT	2	6	5909	5914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019437	T	6	6	6018	6023	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019437	ATT	2	6	6110	6115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019437	AAAG	2	8	6145	6152	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019437	TGA	2	6	6166	6171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019437	TGCT	2	8	6174	6181	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_019437	TATT	2	8	6277	6284	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019437	A	6	6	6289	6294	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019437	AAG	2	6	6298	6303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019437	TTA	2	6	6307	6312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019437	AT	4	8	6382	6389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019437	TTA	2	6	6456	6461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019437	AACT	2	8	6473	6480	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_019437	AAG	2	6	6717	6722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019437	T	6	6	6773	6778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019437	TAGA	2	8	6940	6947	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019437	TAGA	2	8	6984	6991	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019437	GTA	2	6	6997	7002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019437	TA	3	6	7004	7009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.